ID | 385649 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Pax5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000014030 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | paired box 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | EBB-1, Pax-5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | S24628 () of strain waterfowl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 44524757-44710487 bp(-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | G to A at 44691886 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Alanine to Valine at position 120 (A120V) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000103457 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000014174] [ENSMUST00000102932] [ENSMUST00000107825] [ENSMUST00000107826] [ENSMUST00000107827] [ENSMUST00000134968] [ENSMUST00000143235] [ENSMUST00000173821] [ENSMUST00000146335] [ENSMUST00000174242] [ENSMUST00000165417] [ENSMUST00000173733] [ENSMUST00000186542] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q02650 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000014174 AA Change: A120V PolyPhen 2 Score 0.040 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000014174 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A120V
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000102932 AA Change: A120V PolyPhen 2 Score 0.986 (Sensitivity: 0.74; Specificity: 0.96) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000099996 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A120V
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000107825 AA Change: A120V PolyPhen 2 Score 0.789 (Sensitivity: 0.85; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000103455 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A120V
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000107826 AA Change: A120V PolyPhen 2 Score 0.999 (Sensitivity: 0.14; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000103457 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A120V
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000107827 AA Change: A120V PolyPhen 2 Score 0.789 (Sensitivity: 0.85; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000103458 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A120V
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000134968 AA Change: A120V PolyPhen 2 Score 0.695 (Sensitivity: 0.86; Specificity: 0.92) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000133540 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A120V
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000143235 AA Change: A120V PolyPhen 2 Score 0.789 (Sensitivity: 0.85; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000134370 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A120V
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000187197 |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000173821 AA Change: A120V PolyPhen 2 Score 0.560 (Sensitivity: 0.88; Specificity: 0.91) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000134712 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A120V
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000146335 AA Change: A119V PolyPhen 2 Score 0.922 (Sensitivity: 0.81; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000139296 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A119V
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000174242 AA Change: A120V PolyPhen 2 Score 0.826 (Sensitivity: 0.84; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000134391 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A120V
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000174761 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000165417 AA Change: A120V PolyPhen 2 Score 0.072 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.84) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000128880 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A120V
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000172866 AA Change: A64V |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000134119 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A64V
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000174319 AA Change: A64V |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000133978 Gene: ENSMUSG00000014030 AA Change: A64V
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000191036 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000173733 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000133671 Gene: ENSMUSG00000014030
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000186542 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000141186 Gene: ENSMUSG00000014030
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Meta Mutation Damage Score | 0.2915 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes a member of the paired box (PAX) family of transcription factors. The central feature of this gene family is a novel, highly conserved DNA-binding motif, known as the paired box. Paired box transcription factors are important regulators in early development, and alterations in the expression of their genes are thought to contribute to neoplastic transformation. This gene encodes the B-cell lineage specific activator protein that is expressed at early, but not late stages of B-cell differentiation. Its expression has also been detected in developing CNS and testis and so the encoded protein may also play a role in neural development and spermatogenesis. This gene is located at 9p13, which is involved in t(9;14)(p13;q32) translocations recurring in small lymphocytic lymphomas of the plasmacytoid subtype, and in derived large-cell lymphomas. This translocation brings the potent E-mu enhancer of the IgH gene into close proximity of the PAX5 promoter, suggesting that the deregulation of transcription of this gene contributes to the pathogenesis of these lymphomas. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2013] PHENOTYPE: Null mutants exhibit impaired development of the midbrain resulting in a reduced inferior colliculus and an altered cerebellar folial pattern, failure of B cell differentiation, runting, and high postnatal mortality with few survivors. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Pax5 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- TCAAGCGGCCTGGATATTGG -3' (R):5'- CATGGCTAACTATGGTCCTCTC -3' Sequencing Primer (F):5'- GATGTCCTCTCCCAGTAGCTGAG -3' (R):5'- CCTCTTGGGTCTAGGTATTATGAGAC -3' |
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Posted On | 2016-05-10 |