ID | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Atad3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000029036 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | ATPase family, AAA domain containing 3A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Tob3, 2400004H09Rik | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | E2594 of strain daniel_gray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 155825098-155845550 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | unclassified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | G to A at 155835390 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000138808 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000030903] [ENSMUST00000176043] [ENSMUST00000184913] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q925I1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000030903 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000030903 Gene: ENSMUSG00000029036
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000126725 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000134317 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000175679 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000176043 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135405 Gene: ENSMUSG00000029036
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176839 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000184131 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000177066 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000184913 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000138808 Gene: ENSMUSG00000029036
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 94% (32/34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes a ubiquitously expressed mitochondrial membrane protein that contributes to mitochondrial dynamics, nucleoid organization, protein translation, cell growth, and cholesterol metabolism. This gene is a member of the ATPase family AAA-domain containing 3 gene family which, in humans, includes two other paralogs. Naturally occurring mutations in this gene are associated with distinct neurological syndromes including Harel-Yoon syndrome. High-level expression of this gene is associated with poor survival in breast cancer patients. A homozygous knockout of the orthologous gene in mice results in embryonic lethality at day 7.5 due to growth retardation and defective development of the trophoblast lineage. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb 2017] PHENOTYPE: Mice homozygous for a gene trapped allele die around E7.5 exhibiting growth retardation, failure to gastrulate, and impaired development of the trophoblast lineage immediately after implantation. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Atad3a |
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Nature of Mutation |
DNA sequencing using the SOLiD technique identified a C to T transition at position 10161 in the Genbank genomic region NC_000070 for the Atad3a gene on chromosome 4 (CCCCTACCAGCT -> CCTACCAG). The mutation is located within intron 8, nine nucleotides upstream from the start of exon 9, and may impair the acceptor splice site of intron 8. The mutation may result in skipping of the 57 nucleotide exon 9, removing 19 amino acids, but preserve the reading frame following the deletion. Atad3a contains 16 exons (Figure 1). Multiple isoforms of Atad3a are displayed in Ensembl.
<--exon 8 <--intron 8 exon 9--> exon 10--> <--exon 16
9649 CCCATCCAG………CCCTACCAG GTCAGCAGG……CCTAGCCTG……AGCTGCTGA 19906
299 -P--I--Q- -V--S--R-……-P--S--L-……-S--C--* 591
correct deleted correct
The acceptor splice site of intron 8, which may be impaired by the Atad3a mutation, is indicated in blue lettering; the mutated nucleotide is indicated in red lettering. The mutation has been confirmed by DNA sequencing using the Sanger method (Figure 2).
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Protein Function and Prediction |
The 591 amino acid ATAD3 or TOB3 protein is a member of the large family of ATPases associated with various cellular activities (AAA-ATPases). These proteins are involved in proteolysis, membrane fusion, cell-cycle regulation, DNA replication or intracellular trafficking. Some of these proteins function as subunits of proteolytic complexes, independent proteases, molecular chaperones, and DNA helicases. The AAA-ATPases belong to the AAA+ superfamily of ring shaped P-loop NTPases, which act via the energy-dependent unfolding of macromolecules. Typically, these proteins assemble into large oligomers (often hexamers) that form a ring-shaped structure with a central pore. These proteins produce a molecular motor that couples ATP binding and hydrolysis to changes in conformational states that act upon a target substrate. The AAA module present in these proteins is responsible for ATP binding and hydrolysis, and contains two classical motifs, Walker A (GX4GKT/S) and Walker B, which is composed of four aliphatic residues followed by two negatively charged residues, typically D and E (1). The AAA module of mouse TOB3 occurs at amino acids 351-474. A 3D structure of the conserved portion of AAA-ATPases is shown in Figure 3 (NCBI pfam00004). If exon 9 of TOB3 is deleted as predicted, the deletion would occur prior to the ATPase domain.
The function of TOB3 is poorly studied, but both human and mouse proteins have been localized to the mitochondria and may be necessary for proper mitochondrial function. These studies have suggested roles in facilitating protein transport from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus, in apoptosis, and for normal cell division (2;3). |
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References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Posted On | 2009-10-27 |